大きくわけて生ワクチンと不活化ワクチンに分けられます。弱毒生ワクチンはBCG、ポリオ、はしか、風疹、水疱、おたふく風邪、ロタウイルスなどで、病原体を継代的培養して弱毒化し、凍結乾燥したものを溶かして使用するのが一般的です。自然感染に近い免疫が得られ、長期にわたる効果が期待できます。液性免疫と細胞性免疫の両方が獲得されます。副反応は接種数日から4週間位の間に起こります。
これに対して不活化ワクチンは、日本脳炎、百日せき、インフルエンザ、ジフテリア、破傷風、インフルンザ菌、肺炎球菌、B型肝炎などで、強毒の病原体をホルマリンなどで不活化して製造、通常、液体で総て注射です。接種方法として、基礎免疫獲得のための2回以上の接種と、数年ごとの接種が必要です。液性免疫が獲得されます。副反応は2日以内に現れ、数日以上経てからは極めて稀れであります。